NCBI 2

National center for Biotechnology Information

I. Pendahuluan

NCBI adalah sekelompok orang yang melakukan penelitian yang memiliki fungsi untuk memberikan informasi mengenai Biologi Molekuler. Penciptaan NCBI dimaksudkan untuk membantu dan memahami mekanisme molekuler yang mempengaruhi kesehatan manusia dan penyakit dengan tujuan berikut : untuk membuat dan memelihara database publik, mengembangkan perangkat untuk menganalisa data genom, dan untuk melakukan penelitian dalam biologi komputasi.

NCBI menawarkan jasa antara lain sebagai berikut :

1. Mengembangkan metode baru untuk menangani volume dan kompleksitas data meneliti ke metode yang dapat menganalisis struktur dan fungsi makromolekul.

2. Menciptakan sistem komputerisasi untuk menyimpan dan menganalisis data biologi molekuler.

3. Menyediakan akses ke analisis dan alat komputasi (yang memfasilitasi penggunaan database dan perangkat lunak) untuk peneliti dan publik.

II. Isi

Genbank sebagai database model

Genbank merupakan sebuah database yang berisi semua asam nukleat dan terdiri dari biologi molekuler dan DNA. NCBI menawarkan perangkat lunak online untuk membantu para peneliti mengirimkan data urutan ke Genbank. Individu peneliti dapat mengajukan urutan tunggal. pengiriman yang lebih besar sering kali datang dari pusat sekuensing, yang dapat mengajukan urutan banyak atau seluruh genom. Hubungan antara mengirimkan data sekuens untuk GenBank dan publikasi juga merupakan upaya yang terkoordinasi; jurnal yang mempublikasikan data sekuens memerlukan pengajuan gen Bank sebagai syarat untuk publikasi. Alat pengajuan online meliputi BankIt, payet dan tbl2asn. BankIt adalah yang paling sederhana dari alat-alat, dan membutuhkan penulis untuk memasukkan urutan, dan kemudian menambahkan penjelasan biologis seperti daerah pengkode. Payet memungkinkan untuk penyampaian beberapa urutan atau kompleks dan memiliki metode yang lebih terorganisir dari pengajuan urutan. Pusat genom menggunakan program seperti tbl2asn, analog baris perintah lebih kuat dari payet.

Mengambil data GenBank dan data dari NCBI lain

Sistem pengambilan database utama di NCBI Entrez, yang menghubungkan bersama beberapa database, termasuk GenBank. Database sentral dalam Entrez adalah database GenBank nukleotida, yang menghubungkan ke database sebagai berikut : PubMed, Sequence Protein, Genom, Taksonomi, Struktur, Penduduk, Warisan online Mendelian dalam Man (OMIM), Buku, dan Domain 3D.

a. Sambungan antara entri dalam database disebut tetangga, dan koneksi antara entri database yang berbeda disebut hardlink. Sebagai contoh, urutan diambil dari GenBank dapat hardlink ke kutipan sastra di PubMed untuk urutan tertentu.

b. PubMed adalah literatur NCBI kutipan database yang berisi abstrak lebih dari 12 juta artikel jurnal. Setelah urutan ditemukan dalam GenBank, atau sekali data apapun yang ditemukan di salah satu dari berbagai database, daftar topik yang berhubungan dengan jurnal abstrak dapat disulap di PubMed menggunakan hardlinks.

NCBI data analisis perangkat lunak alat

Alat yang paling umum digunakan untuk menganalisis sekuens asam nukleat dari GenBank adalah Alignment Dasar Alat Pencarian Linier atau BLAST. BLAST adalah alat perangkat lunak yang sejalan dua sekuens dalam rnagka untuk memutuskan apakah ada kemiripan urutan antara dua sekuens. Urutan dapat menjadi dua sekuens nukleotida atau dua urutan protein. Dari kesamaan urutan, homologi dapat disimpulkan, meskipun ada perbedaan jelas antara keduanya. Homologi menunjukkan bahwa urutan dipelajari berasal dari urutan leluhur umum. Homologi antara urutan ini juga menunjukkan (tetapi tidak cukup untuk membuktikan) fungsi serupa di tingkat molekuler. Kesalahpahaman tentang makna istilah dapat diilustrasikan oleh pernyataan seperti, "dua urutan yang 66% homolog" dan "homologi ada untuk gelar ini". Homologi tidak didasarkan pada persentase atau gelar; keberadaannya adalah ekstrim. Homologi baik ada antara urutan atau tidak. Jadi bagaimana kesimpulan dukungan BLAST homologi? BLAST adalah didasarkan pada gagasan persen-kesamaan antara urutan, model statistik dari distribusi mendapatkan urutan nukleotida yang diberikan oleh kebetulan. Jika dua urutan nukleotida menunjukkan kesamaan gelar yang mereka bisa, sesuai dengan model statistik, digunakan oleh seorang peneliti untuk menyimpulkan urutan homolog. Model statistik yang berbeda ada untuk urutan protein. NCBI menawarkan berbagai BLAST berbasis alat untuk menganalisis berbagai jenis data. Selain menggunakan BLAST untuk mendukung sebuah kesimpulan tentang homologi antara dua urutan, adalah mungkin untuk BLAST urutan query terhadap genom manusia atau genom mouse untuk mencari sekuens homolog.

NCBI sebagai alat analisis data meliputi Elektronik-PCR, yang menempatkan urutan-Tagged Situs, dan BLAST-Link (Blink), yang menunjukkan keberpihakan BLAST protein untuk setiap urutan protein yang ditemukan dalam Entrez. Banyak alat lebih dapat diakses melalui website NCBI. Beberapa alat analisis data juga database. Sebuah daftar lengkap non-alat meliputi: OrfFinder (untuk membuka-membaca frame), RefSeq, UniGene, SNP Database (untuk single-nukleotida polimorfisme), Human Genome Sequencing, MapViewer Manusia (untuk melihat draft dari proyek genom manusia), Ekspresi gen Omnibus, Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) (katalog penyakit genetik manusia), database Modeling Molekuler (MMDB) yang merupakan database protein 3D struktur, dan database Domain dilestarikan (CDD).

Database dan Pendidikan Publik

Satu database Entrez berfungsi sebagai sumber potensial untuk pendidikan umum dalam biologi molekuler: itu adalah Database BUKU. Mahasiswa dapat menemukan beberapa buku saja yang dibutuhkan dalam database. Sebagai contoh, Molekuler your Lodish itu Biologi (Biologi UBC 350), Esensial your Albert Biologi (Biologi UBC 441), Developmental Biology Gilbert (Biologi UBC 331), Analisis Genetika Modern (Biologi UBC 334 & 335), dan Janeway yang Immunobiology (UBC Mikrobiologi 301) isi sepenuhnya tersedia.

Selain itu, NCBI menyediakan "Primer Ilmu" di daerah yang membentuk dasar-dasar teoritis dari NCBI sendiri, dengan tutorial tentang topik-topik seperti bioinformatika, EST, teknologi microarray, STSs, dan pemodelan molekul. Terakhir, NCBI menawarkan tutorial tentang cara menggunakan berbagai database dan data-analisis perangkat lunak.

III. Penutup

Keuntungan memiliki NCBI adalah mereka menawarkan jumlah yang cukup besar informasi dapat diakses oleh publik. NCBI melanjutkan tradisi ilmiah membuat pengetahuan ilmiah gratis untuk semua, yang merupakan fenomena umum di dunia saat ini perusahaan biotek dan paten mereka dijaga ketat. Bioinformatika, sebagai sebuah disiplin, terus tumbuh pada tingkat eksponensial. Situs NCBI saat ini menangani pelayanan secara efisien, meskipun jumlah besar dari layanan ini. Untuk melanjutkan efisiensi ini, NCBI harus menyadari dan menerima cara-cara baru data asimilasi ke dalam bentuk yang terorganisir

Referensi

Benson DA, Karsch-Mizrachi saya, Lipman DJ, Ostell J, Wheeler DL. GenBank: Update. Asam Nukleat Penelitian, 2004, vol 32, Issue Database: D23-D26.

http://www.scq.ubc.ca/national-center-for-biotechnology-information-an-overview/